Im ersten Schritt muss das Unternehmen bei der Bescheinigungsstelle Forschungszulage (BSFZ) eine Bescheinigung beantragen, die die Eignung eines FuE-Vorhabens für eine Begünstigung bestätigt. Die BSFZ ist verantwortlich für die inhaltliche Bewertung jedes FuE-Vorhabens, um festzustellen, ob es grundsätzlich als begünstigtes FuE-Vorhaben gilt. Nach Prüfung erhält das antragstellende Unternehmen von der BSFZ eine Bescheinigung, die bestätigt, dass es sich um ein begünstigtes FuE-Vorhaben handelt. Diese Bescheinigung wird auch direkt an das zuständige Finanzamt des antragstellenden Unternehmens übermittelt.
Im zweiten Schritt muss die Forschungszulage beim zuständigen Finanzamt für die Einkommensteuer des anspruchsberechtigten Unternehmens beantragt werden. Dieser Antrag betrifft alle begünstigten FuE-Vorhaben eines Unternehmens und sollte erst nach Abschluss des jeweiligen Wirtschaftsjahres gestellt werden, in dem die förderfähigen Aufwendungen für die begünstigten FuE-Vorhaben entstanden sind. Dies bedeutet, dass die Beantragung der Forschungszulage an das Wirtschaftsjahr gebunden ist und die Zulage nicht nur für ein spezifisches FuE-Vorhaben gewährt wird. Bei mehrjährigen FuE-Vorhaben muss daher für jedes Wirtschaftsjahr ein separater Antrag auf Forschungszulage beim Finanzamt gestellt werden.
Das Finanzamt prüft die eingereichten Informationen im Antrag auf Forschungszulage und erlässt einen Bescheid zur Festsetzung der Zulage, sofern alle erforderlichen Voraussetzungen erfüllt sind. Nach der Festsetzung wird die Forschungszulage jedoch nicht sofort ausgezahlt, sondern wird bei der nächsten erstmaligen Festsetzung der Einkommen- oder Körperschaftsteuer vollständig auf die festgesetzte Steuer angerechnet. Falls nach dieser Anrechnung ein Überschuss verbleibt, wird dieser als Einkommen- oder Körperschaftsteuererstattung ausgezahlt.
Es könnte ratsam sein, die Ertragssteuererklärung noch zurückzuhalten, wenn eine Forschungszulage beantragt wurde. Andernfalls würde die Auszahlung erst mit der darauffolgenden Körperschaftsteuererklärung stattfinden - üblicherweise also etwa 12 Monate später.
